中间宿主难觅踪影
找到病毒可能的自然宿主，仅回答了“病毒从哪里来”这个问题的一半。对疫情防控来说，更为重要的是找到新冠病毒的中间宿主究竟是哪种动物。中间宿主是指天然不携带某种病原体，但是可以被天然宿主携带的病原体感染，并可以向其他物种传播病原体的宿主。只有找到它才能切断源头，防止病毒再传染给人。
从基因溯源来看，SARS和MERS都来源于蝙蝠体内的冠状病毒，通过中间宿主感染到人。SARS的中间宿主很可能是果子狸，MERS的中间宿主是骆驼。为什么一个病毒会从蝙蝠到中间宿主再到人类？很重要的一个原因是基因发生了同源重组。
同源重组是一种基因改变的方式，指两条同源区的染色体通过配对链的断裂和再连接产生片段交换。通俗地说，就是染色体在复制时，基因组上的某一段片段被另外一段替换掉了。病毒感染宿主需要识别宿主细胞的抗原，之后才能入侵细胞。而如果同源重组的片段刚好能识别抗原的蛋白，还可以识别人类的抗原，那么病毒在“找到”人类之后，就可以实现入侵。
1月22日，北京大学、广西中医药大学、宁波大学及武汉生物工程学院学者联合攻关，在《医学病毒学》（Journal of Medical Virology）杂志在线发表的一篇研究论文称，新冠病毒似乎是蝙蝠冠状病毒与起源未知的冠状病毒之间的重组病毒。在新冠病毒的spike糖蛋白中发现了未知来源的同源重组，与其他动物相比，蛇是最有可能携带新冠病毒的野生动物。
但该研究随后受到质疑。免疫学学者商周在微信公众号“知识分子”上撰文表示，SARS和MERS病毒的传递始终是在哺乳动物之间进行的。但蛇不是哺乳动物，而是爬行类动物。此外，用同义密码子使用偏向分析的研究方法并不适合用来研究冠状病毒的宿主。
前述康奈尔大学博士也向财新记者提到，根据密码子偏好的相似度进行推测，不能作为直接证据。
确定中间宿主需经过复杂而严格的实验流程。2003年SARS期间，现香港大学新发传染性疾病国家重点实验室主任以及流感研究中心主任管轶与其团队在广东发起SARS病原调查和诊断。
根据管轶2013年的口述，寻找SARS中间宿主的过程中，他们曾前往深圳市东门市场去做野生动物取样，共取了8种动物的25个标本。拿回去研究时，他要求每个标本设三对码，代表头、体和尾，只有三对码的结果都是阳性的才能挑出来作为备选。这样做的理由是，病毒在传播中并不知道哪个动物喜欢它，哪个动物不喜欢它，因此有的动物虽然感染了病毒，但病毒不能完成复制，只有一部分存留。只有三对码结果全部为阳性，才能证明病毒已经很好地完成了复制。
而此次新冠肺炎疫情发生后，野生动物取样条件受限。2019年12月31日，武汉市卫健委通报称，近期部分医疗机构发现接诊的多例肺炎病例与华南海鲜市场有关联。次日，华南海鲜市场贴出休市公告，随后进行了彻底的环境卫生整治。
一些科学家因此没能从华南海鲜市场成功取样。管轶对财新记者称，追溯动物源是个比较复杂的过程，需要规模和体系等科学分析，而当时华南海鲜市场封掉、洗地，“犯罪现场都没了，没有证据怎么破案啊？”中国科学院院士、中国疾病预防控制中心主任高福也表示，“证据确凿，病源非常清晰是野生动物，但由于市场关了，并不清楚是哪种。”
华南海鲜市场位于武汉市江汉区的闹市区，距汉口火车站不足1公里，被认为是此次新冠病毒疫情的起源地。中国疾控中心1月27日发布的《2019新型冠状病毒态势进展和风险评估报告》中称，目前研究认为新冠病毒可能于2019年12月初从湖北省武汉市华南海鲜市场的某种野生动物外溢及其市场环境污染感染人，进而造成人与人之间传播。
李懿泽认为，如果现场已被破坏，没有及时采集当时所售的野生动物样品，那就只能通过大规模筛查野生动物的方式找到中间宿主，“难度太大了。”此外，即便能筛查到野生动物，也不太可能像SARS期间锁定果子狸那样高度确认。
不过，中国疾控中心病毒病所已经两次成功在该市场取样。据央视报道，1月1日上午8时，中国疾控中心病毒病所研究团队赴华南海鲜市场，针对病例相关商户及相关街区集中采集环境样本515份，运送至病毒病所进行检测。1月12日，病毒病所专家再次在华南海鲜市场采集野生动物贩卖商铺相关标本70份，并转运至实验室进行检测。
1月26日，该所公布相关检测结果：从华南海鲜市场的585份环境样本中，检测到33份样品含有新冠病毒核酸，这些阳性样本分布在市场上的22个摊位和1个垃圾车，海鲜市场西区的七街和八街靠近市场内部的区域存在多家野生动物交易商铺，而这一区域的阳性标本也比较集中，占全部阳性样本的42.4％（14/33），这显示此次疫情很可能与野生动物交易有关。
但该所并未锁定具体是哪一种动物。国家卫健委主任马晓伟当日表示，目前对新冠病毒的认识还十分有限，传染源还没有找到，传播致病的机理以及病毒变异情况还不清楚。
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